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PROTrEIN Bioinformatiker*innen forschen an neuen Möglichkeiten der Proteinidentifikation

Eine neue Generation an spezialisierten Bioinformatiker*innen wird im Rahmen von PROTrEIN – Computational Proteomics Training European Innovative Network – ein Marie Skłodowska-Curie Projekt an neuen Möglichkeiten in der Proteinidentifikation und -analyse forschen. Auch der FH OÖ Campus Hagenberg ist mit einem PhD-Ausbildungsplatz am Projekt beteiligt.

Das EU-Projekt PROTrEIN bietet PhD-Kandidat*innen die Chance, sich in ihren Dissertationen mit unterschiedlichen Forschungsfragen in der Identifikation und Analyse von Proteinen auseinanderzusetzen. Offizieller Projektstart war am 1. Jänner 2021. Derzeit sind die Projektbeteiligten damit beschäftigt die eingegangenen Bewerbungen zu sichten und die besten Nachwuchswissenschaftler*innen auszuwählen. Elf europäische Universitäten und Fachhochschulen und drei Firmen haben es sich zum Ziel gesetzt, den Doktorand*innen ein hohes Maß an Austausch und Fortbildung zu bieten. Das heißt konkret: Die Studierenden nehmen zwei Mal im Jahr an Workshops, Winter oder Summer Schools teil. Zudem verbringen sie mehrere Monate an Partnerunis aus dem Trainingsnetzwerk.

Proteine und Massenspektren

Anhand der Methode der Massenspektrometrie lassen sich auf Basis einer biologischen Probe Proteine analysieren. „Etwa bei Krankheiten ist es relevant herauszufinden, welche Proteine vorhanden sind und wie viele davon, weil Krankheiten zum Beispiel von einem Fehlen eines bestimmten Proteins oder einem Überschuss davon ausgelöst werden können“, erklärt die begeisterte Bioinformatikerin, Viktoria Dorfer. Massenspektrometer werden allgemein in den Naturwissenschaften eingesetzt, um zu eruieren, welche Moleküle und Fragmente von Strukturen in Proben zu finden sind. Innerhalb der Proteomik – die sich damit befasst, alle in einer Zelle vorliegenden Eiweißstoffe zu erforschen – ist es nun Aufgabe der Bioinformatik, Algorithmen und mathematische Formeln zu entwickeln und Software zu implementieren, welche aus den Informationen über die Massen und die Intensitäten der Fragmente die korrekte Identifikation von Proteinen in biologischen Proben berechnen können. Auch wenn es bereits bestehende Algorithmen und Methoden gibt, sind viele Fragestellungen noch ungelöst. Im Rahmen des Projekts werden 14 PhD-Kandidat*innen jeweils ein Teilgebiet der Proteinidentifikation, -Quantifizierung und -Validierung behandeln. Eine Dissertation widmet sich der Gamification, um das Themengebiet der breiten Masse spielerisch, im Sinne der Wissenschaftskommunikation näher zu bringen.

Bioinformatik am FH OÖ Campus Hagenberg

In der Forschungsgruppe Bioinformatik am FH OÖ Campus Hagenberg beschäftigen sich Forscher*innen mit verschiedensten Projekten, in denen es um die Analyse von biologischen Daten geht. Viktoria Dorfer ist die Proteomik-Expertin der Gruppe. Zusammen mit ihrem Forschungskollegen Stephan Winkler übernimmt sie die Betreuung des/der PhD-Kandidat*in in Hagenberg. Man darf noch gespannt sein, wer in Hagenberg bald Teil der Forschungsgruppe sein wird.

Innovativ ist am Projekt, … dass zum ersten Mal Forschung im Bereich Computational Proteomics europaweit koordiniert wird und jungen Forscher*innen in diesem Bereich ein Karrierestart ermöglicht wird.

Die Gesellschaft profitiert durch das Projekt… durch das Entstehen neuer Algorithmen für die Analyse von Proteinen. Dies hilft bei der Erforschung von biologischen Prozessen und beim Verstehen von Krankheiten.

Für dieses Forschungsanliegen braucht es ein europäisches Projekt, … weil nur durch das gebündelte Know-how aller beteiligten Partner und die länderübergreifende Zusammenarbeit neue, fortschrittliche Algorithmen zur Erforschung von Proteinen entwickelt werden können. Europa nimmt bereits eine Vorreiterrolle ein. Durch das Forschungsprojekt wird diese Kompetenz weiter ausgebaut.

Für mich persönlich ist an diesem Projekt besonders interessant, … dass mein persönlicher Forschungsschwerpunkt weiter ausgebaut und gestärkt wird. Der Campus Hagenberg und die FH OÖ sind dadurch auf der europäischen Landkarte im Bereich Computational Proteomics gut positioniert.

Noch Fragen zum Projekt?

FH-Assistenzprof. DI (FH) Dr. Viktoria Dorfer
Projektleiterin PROTrEIN, FH OÖ, Campus Hagenberg
+43 5 0804 22740
viktoria.dorfer@fh-hagenberg.at

http://protrein.eu

Dieses Projekt wird mit Mitteln aus Horizon 2020, dem Forschungs- und Innovationsprogramm der Europäischen Union, gefördert (Marie Skłodowska-Curie-Finanzhilfevereinbarung Nr. 956148).

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