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Bioinformatik: New generation

Eine neue Generation an spezialisierten Bioinformatiker*innen wird im Rahmen von PROTrEIN – Computational Proteomics Training European Innovative Network – ein Marie Skłodowska-Curie Projekt an neuen Möglichkeiten in der Proteinidentifikation forschen. Auf internationalen Austausch und praxisnahe sowie wissenschaftlich fundierte Aus- und Weiterbildung werden im Projekt besonders Wert gelegt. Auch der FH OÖ Campus Hagenberg ist mit einem PhD-Ausbildungsplatz am Projekt beteiligt.

Derzeit ist man auf der Suche nach geeigneten PhD-Kandidat*innen, die am dreijährigen Projekt teilnehmen und sich in ihren Dissertationen mit unterschiedlichen Forschungsfragen in der Identifikation von Proteinen auseinandersetzen. Elf europäische Universitäten bzw. Fachhochschulen und drei externe Firmen haben es sich zum Ziel gesetzt, den PhD-Studierenden – die übrigens nicht aus demselben Land stammen dürfen, wie die jeweilige Institution – ein hohes Maß an Austausch und Fortbildung zu bieten. Das heißt konkret: Die Studierenden nehmen zwei Mal im Jahr gemeinsam an Workshops, Winter oder Summer Schools teil. Zudem verbringen sie mehrere Monate an Partnerunis aus dem Trainingsnetzwerk. Dabei geht es vor allem um den Austausch von Erfahrungen, das Kennenlernen neuer Forschungsgruppen, das Generieren von neuem fachspezifischen Know-how, das Aneignen von wissenschaftlichem Handwerkszeug oder auch um Einblicke in die Forschungsmittelakquisition.

Proteine und Massenspektren

Woran forschen die Nachwuchswissenschaftler*innen nun? Anhand der Methode der Massenspektrometrie lassen sich auf Basis einer biologischen Probe Proteine analysieren. „Etwa bei Krankheiten ist es relevant herauszufinden, welche Proteine vorhanden sind und wie viele davon, weil Krankheiten zum Beispiel von einem Fehlen eines bestimmten Proteins oder einem Überschuss davon ausgelöst werden können“, erklärt die begeisterte Bioinformatikerin und Projektleiterin, FH-Assistenzprof. DI (FH) Dr. Viktoria Dorfer. Massenspektrometer werden allgemein in den Naturwissenschaften eingesetzt, um zu eruieren, welche Moleküle und Fragmente von Strukturen in Proben zu finden sind. Innerhalb der Proteomik ist es nun Aufgabe der Bioinformatik, Algorithmen und mathematische Formeln zu entwickeln und Software zu implementieren, welche aus den Informationen über die Massen und die Intensitäten der Fragmente die korrekte Identifikation von Proteinen in biologischen Proben berechnen können. Auch wenn es bereits bestehende Algorithmen und Methoden gibt, sind viele Fragestellungen noch ungelöst. Im Rahmen des Projekts will man nun noch mehr aus diesen biologischen Proben herausholen. 14 PhD-Kandidat*innen werden jeweils ein Teilgebiet der Proteinidentifikation, -Quantifizierung und -Validierung behandeln und sich auf die Suche nach neuen Algorithmen und Methoden begeben. Eine Dissertation wird sich jedoch nicht direkt mit der Proteinidentifikation beschäftigen, sondern mit Gameification, wo es darum geht, das Themengebiet der breiten Masse spielerisch, im Sinne der Wissenschaftskommunikation näher zu bringen.

Bioinformatik am FH OÖ Campus Hagenberg

In der Forschungsgruppe Bioinformatik am FH OÖ Campus Hagenberg beschäftigen sich Forscher*innen mit verschiedensten Projekten, bei der es um die Analyse von biologischen Daten geht. Im Bereich Proteomics ist Viktoria Dorfer die Expertin. Neben ihrem fundierten Fachwissen ist nicht zuletzt auch ihre gute internationale Vernetzung in wissenschaftlichen Communities dafür verantwortlich, dass die FH OÖ Teil dieses europäischen Trainingsnetzwerks ist. Zusammen mit ihrem Forschungskollegen FH-Prof. PD DI Dr. Stephan Winkler, der zudem an der JKU Linz habilitiert ist, übernimmt sie die Betreuung des/der PhD-Kandidat*in in Hagenberg. Man darf noch gespannt sein, wer sich um den Platz in Hagenberg bewirbt und ab 2021 Teil der Forschungsgruppe sein wird.

Viktoria Dorfer, Bildquelle: Melanie Laßlberger

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